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BsmBI属于Type IIs型限制酶，可识别非回文序列，并在识别序列之外进行切割，常用于 Golden Gate 组装。经过优化的反应 Buffer 使 BsmBI 最大限度发挥功能，同时反应缓冲液包含重组白蛋白，其可增强多种酶的稳定性。 识别位点： CGTCTC(1/5) 5'...C G T C T C (N)₁↓...3' 3'...G C A G A G (N)₅↑...5' 同裂酶：Esp3I 注：同裂酶对于不同的甲基化修饰可能具有不同敏感性。 -
BsiWI 属于 Type IIP 型限制酶，识别回文序列，经过优化的反应 Buffer 使 BsiWI 最大限度发挥功能，同时反应缓冲液包含重组白蛋白，其可增强多种酶的稳定性。 识别位点： CGTACG 5'...C ↓ G T A C G...3' 3'...G C A T G ↑ C...5' 同裂酶：PspLI, Pfl23II 注：同裂酶对于不同的甲基化修饰可能具有不同敏感性。
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BpiI属于Type IIS型限制酶，特异性识别GAAGAC序列，并在下游进行切割，产生4碱基突出的5'末端，属于Golden Gate组装的常用酶之一。BpiI使用FastCut通用缓冲液，可搭配FastCut系列限制酶进行双酶切，用于Golden Gate组装以外的常规克隆或酶切鉴定等场景。 识别位点： GAAGAC(2/6) 5'...G A A G A C (N)₂↓...3' 3'...C T T C T G (N)₆↑...5' 同裂酶：BstV2I, BbsI 注：同裂酶对于不同的甲基化修饰可能具有不同敏感性。
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BbvCI来源于短芽孢杆菌(Bacillus brevis) (L. Ge)的BbvCI基因，经大肠杆菌重组表达获得。BbvCI属于Type IIA 类限制酶，以异源二聚体形式存在，由两个不同的催化亚基构成，每个亚基具有独立的切割位点。BbvCI识别并切割非回文序列CCTCAGC(-5/-2)，形成5'端3碱基突出的粘性末端。BbvCI使用FastCut反应缓冲液，可与其他FastCut系列限制酶进行双酶切，但不建议长时间酶切（超过3 h），以避免产生星号活性。 识别位点： CCTCAGC 5'...C C↓T C A G C...3' 3'...G G A G T↑C G ...5'
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ApeKI来源于超嗜热需氧古生菌(Aeropyrum pernix) K1，属于Type IIP型限制酶，识别并切割G/CWGC序列，形成3碱基突出的粘性末端。ApeKI是基因组简化测序（genotyping-by-sequencing，GBS）的首选酶之一，此外，还广泛应用于动植物遗传研究、群体进化分析及功能基因定位等领域。 识别位点： GCWGC 5'...G↓C W G C...3' 3'...C G W C↑G ...5' 同裂酶：TseI 注：同裂酶对于不同的甲基化修饰可能具有不同敏感性。
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AarI属于Type IIS型限制酶，是PaqCI的完全同裂酶，识别CACCTGC序列并在其下游进行切割，形成4碱基的5'突出。不同于常规的Type IIS限制酶，AarI酶切需要两个或两个以上识别位点，搭配随酶附赠的激活剂可实现完全酶切，在没有激活剂的情况下可以酶切，但无法酶切完全。AarI的识别序列长达7碱基，在基因中的出现频率较低，尤其适合用于Golden Gate组装。 识别位点： CACCTGC(4/8) 5'...C A C C T G C (N)₄↓...3' 3'...G T G G A C G (N)₈↑...5' 同裂酶：PaqCI 注：同裂酶对于不同的甲基化修饰可能具有不同敏感性。
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识别位点： GAGCTC 5'...G A G C T ↓ C...3' 3'...C ↑ T C G A G...5' 同裂酶：Psp124BI, SstI 异裂酶：Ecl136II, EcoICRI, Eco53kI 注：同裂酶对于不同的甲基化修饰也许具有不同敏感性。
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识别位点： CCCGGG 5'...C C C ↓ G G G...3' 3'...G G G ↑ C C C...5' 异裂酶：Cfr9I, TspMI, XmaI 注：同裂酶对于不同的甲基化修饰也许具有不同敏感性。
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识别位点： GGCCNNNNNGGCC 5'...G G C C N N N N ↓ N G G C C...3' 3'...C C G G N ↑ N N N N C C G G...5'
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识别位点： CCTGCAGG 5'...C C T G C A ↓ G G...3' 3'...G G ↑ A C G T C C...5' 同裂酶：SbfI, Sse8387I 注：同裂酶对于不同的甲基化修饰也许具有不同敏感性。
